Africa-Places.com перечислил около 12 университеты в Котону. Некоторые из лучших университеты в Котону являются- Университетский институт "Les Cours Sonou", УНИВЕРСИТЕТ ФОРМИРОВАНИЯ ESPAM, ISCG БЕНИНСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ, ESGT BENIN, ESEP ПАСТЫРЬ, ESCAE-Бенинский университет Кампус Котону, УНИВЕРСИТЕТ LA HEGJ БЕНИН, Африканский университет Бенина кампус Акпакпа, Африканская школа экономики & Высшая школа менеджмента (ESM).